秘魯瀕臨太平洋，沿海多優良港口，海運發達，是對外貿易的主要運輸方式。內陸地區尤其是亞馬遜地區河流縱橫，水路運輸便利。秘現有海港19個，河港4個，湖港1個，其中卡亞俄等港口設備比較先進，管理比較規范，現代化程度較高。

1、卡亞俄（Callao）

位于該國海岸中部，毗鄰首都利馬，是秘魯最大港口，也是南美在太平洋的主要港口之一。港區有南北兩條防波堤合抱，港外西南有圣洛倫島作屏障，港內中部和南部有從陸岸向西北伸展的大突堤和向西伸展的四個小突堤。大突堤兩側各有一個泊位，水深9.7-10.9米；小突堤南有4個順岸泊位水深10-10.9米。此外，從南防波堤向東北伸展的突堤兩側有4個泊位，水深9.1-10.6米；西北防波堤內還有兩個油輪泊位，水深10.9米。全港總計有23個泊位。秘魯對外貿易主要依靠該港口。近年來，因秘進出口貿易增長，其吞吐量不斷提高，2010年達3100萬噸，占全國港口吞吐總量的45%;集裝箱吞吐量達134萬標準箱，占全部港口的88%.入港船舶3672艘次，出港船舶3664艘次，占全國港口接待船舶數量的29.6%.秘魯對外貿易有70%的商品都經由該港裝卸。

2、派塔港（Paita）

位于皮烏拉大區派塔省，是秘魯西北的重要綜合性商港。水深10.67米，可系泊4艘1萬噸的船只。港內有5個泊位，適合全長170.68米，吃水9.14米的船只。泊位上有些起重機，拖拉機，軌道拖車和貨物鏟車，還有拖船可使用。鋼筋混凝土防波堤，長365米，寬36米。良好的錨地，水深12.80-18.29米，距海岸0.8-1.61公里。該港以特許經營權方式交由外資企業運營管理，2010年吞吐量達127萬噸，其中集裝箱貨物吞吐量為96萬噸，12.6萬標準箱。

3、伊洛港（Ilo）

秘魯南部重要港口，位于莫蓋瓜大區伊洛省。港內深水防波堤長304.8米，設有2個泊位，每個長196.4米，水深10.97米。一個順岸碼頭，長105.12米，最小水深為7.01米，防波堤泊位主要用作魚粉出口裝船。另一條防波堤長457.2米，原屬秘魯南方銅礦有限公司。兩邊的泊位長182.88米，水深10.97-18.28米，使用船上的裝置卸貨物。第一海上油船泊位，北距伊洛鎮0.5公里，有1根直徑6英寸海底油管，將海上油船泊位與鎮上煉油廠的貯油罐連接起來。該泊位還設有1根4英寸的輸出魚油的管道，用以出口魚油。第二海上油船泊位，距伊洛市北面，有海底油管通向銅礦公司的貯油罐。第一海上油船泊位能系泊45000載重噸的油輪。2010年該港吞吐量282萬噸，以液體散貨為主，其次是干質散貨，集裝箱吞吐量為3.1萬標準箱。

4、馬塔拉尼港（Matarani）

位于該國南部阿雷基帕大區東南，秘魯重要商港，是秘魯政府通過轉讓特許經營權方式實施私營化的第一個多用途港口，現代化程度較高，港內吊機最大吊裝重量達63噸。港區在由陸向西南伸展的岬角西北岸，有岬角頂端向北伸展600米長的防波堤保護，港池水深11米，有4個順岸泊位，各長150米，沿邊水深9.15米。主要用于出口礦石、羊毛、咖啡、皮革等并進口雜貨。2010年吞吐量達448萬噸，主要是散貨，集裝箱吞吐量僅為1.8萬標準箱。

5、伊基托斯港（Iquitos）

位于秘魯洛雷托大區東北部，是亞馬遜河上的重要港口。港區水深超過18米，河面寬600米。從巴西的亞馬遜河河口港貝倫逆流而上，大概需要10-12天航程，因航道中有沙洲，中間可能需系泊待航兩次。遠洋輪全年可抵達，但易受到河水水位漲落的影響。在洪水季節（每年的11月至次年的6月），河道最大吃水為7.92米，而7-10月的最大水深為5.49米。2010年該港口吞吐量為98萬噸。進港船只3850艘次，出港3887條，占全國港口進出港船舶數量的31.2%.

除以上港口外，皮斯科（位于南部，包括圣馬丁港，主要的油氣輸出港）、塔拉拉（北部，主要的石油輸出港）、巴約瓦爾和欽博特等港口也比較重要。